Η Χρύσα Παπαθωμά γεννήθηκε το 1968 στην Αθήνα και κατάγεται από τη Βοιωτία.

Σπούδασε «Διαχείριση Ανθρωπίνων Πόρων και Διοίκηση» με κατεύθυνση τα Οικονομικά στο Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών και στη συνέχεια αποφοίτησε από το Μεταπτυχιακό Τμήμα Οικονομικής Επιστήμης, Διεθνών και Ευρωπαϊκών Οικονομικών Σπουδών και Διοικητικής Επιστήμης και Τεχνολογίας του Οικονομικού Πανεπιστημίου Αθηνών.

Από το 1987 έως και τον Αύγουστο του 2006 εργάστηκε ως στέλεχος και ως οικονομολόγος σε Διευθύνσεις Οικονομικής και Διοικητικής Υποστήριξης σε Φορείς εποπτευόμενους από το Υπουργείο Υποδομών και Μεταφορών.

Από τον Σεπτέμβριο του 2006 έως και τον Ιούνιο του 2018 διετέλεσε Επιθεωρήτρια του Υπουργείου Μεταφορών και Επικοινωνιών, νυν Υπουργείο Υποδομών και Μεταφορών. Με την ιδιότητα της Επιθεωρήτριας διενήργησε και διαχειριστικούς ελέγχους  ως συντονίστρια  με Μικτά Κλιμάκια Ελέγχου, τα οποία συγκροτήθηκαν με Κ.Υ.Α. των Υπουργών: α) Οικονομικών και β) Υποδομών και Μεταφορών. Το  2017 ορίστηκε ως εκπρόσωπος του Υπουργείου Υποδομών και Μεταφορών, στο πλαίσιο διενεργούμενης έρευνας από τη Διεύθυνση Ασφάλειας Θεσσαλονίκης.

Από τον Οκτώβριο του 2021 έως και τον Απρίλιο του 2022, εκτελούσε παράλληλα καθήκοντα στην ΕΡΓΑ ΟΣΕ ΑΕ  και στην Αρχή Πολιτικής Αεροπορίας  ως διοικητική υποστήριξη του Διοικητή και του Εκτελεστικού Συμβουλίου της ΑΠΑ.

Με την υπ’ αρ.πρωτ. ΑΠΑ 1034/22/06.05.2022 (ΑΔΑ: ΨΓ2Ι46Μ8ΥΟ-Υ4Γ) απόφαση του Διοικητή της ΑΠΑ της ανατέθηκαν τα καθήκοντα της Προϊσταμένης  του Τμήματος Ανθρώπινου Δυναμικού, Εκπαίδευσης και Αρχείου.