Γενικά το σύστημα αντιστάθμισης του CORSIA πραγματοποιείται μέσω της αγοράς και ακύρωσης (cancellation) μονάδων εκπομπών που προκύπτουν από διάφορες πηγές μείωσης εκπομπών που έχουν επιτευχθεί μέσω μηχανισμών (π.χ. τον Μηχανισμό Καθαρής Ανάπτυξης της UNFCCC Clean Development Mechanism), προγραμμάτων ή έργων  αντιστάθμισης εκπομπών. Η αγορά και η πώληση επιλέξιμων μονάδων εκπομπών γίνεται μέσω της αγοράς άνθρακα και η τιμή των μονάδων εκπομπών επηρεάζεται από την προσφορά και ζήτηση των μονάδων εκπομπών.

 Ένας αερομεταφορέας χρειάζεται να πληροί τις απαιτήσεις αντιστάθμισης ακυρώνοντας τις Επιλέξιμες Μονάδες Εκπομπών CORSIA σε ποσότητα ίση με τις τελικές συνολικές απαιτήσεις αντιστάθμισης για μια δεδομένη χρονική περίοδο συμμόρφωσης. Οι επιλέξιμες μονάδες εκπομπών του CORSIA θα καθορίζονται από το Συμβούλιο της ΔΟΠΑ και οι πληροφορίες θα αναρτώνται  στον ιστότοπο του ICAO CORSIA.