Θα πρέπει να ακολουθηθεί η ίδια βασική διαδικασία όπως στο 3.1 παραπάνω. Ωστόσο, το Κράτος Μέλος διαχείρισης καθορίζεται σύμφωνα με τις μεγαλύτερες αποδιδόμενες εκπομπές κατά το πρώτο έτος λειτουργίας, οι οποίες ενδέχεται να μην είναι ξεκάθαρες άμεσα και να μην καθορίζονται οριστικά έως ότου ο φορέας εκμετάλλευσης συμπεριληφθεί σε αναθεωρημένο κατάλογο που δημοσιεύει η Επιτροπή. Ως εκ τούτου, ο φορέας εκμετάλλευσης δεν μπορεί να υποβάλει για έγκριση σχέδιο παρακολούθησης στο Κράτος Μέλος διαχείρισής του.

Σε τέτοιες περιπτώσεις, ο φορέας εκμετάλλευσης υποχρεούται να προσδιορίζει τις εκπομπές του με αναδρομική ισχύ για το χρονικό διάστημα που εμπίπτει στο πεδίο εφαρμογής του ΣΕΔΕ (EU ETS). Για την περίοδο που ο φορέας εκμετάλλευσης δεν έχει αποδοθεί σε Κράτος Μέλος διαχείρισης, ο φορέας μπορεί να προσδιορίσει τις εκπομπές του σύμφωνα με την προσέγγιση της ενότητας 5 του παραρτήματος XIV της Απόφασης Παρακολούθησης για την κάλυψη "κενών στα δεδομένα". Αυτό επιτρέπει στον φορέα εκμετάλλευσης να προσδιορίζει τις εκπομπές που λείπουν για λόγους που δεν εξαρτώνται από αυτόν, με μια απλοποιημένη μέθοδο.

Όταν το Κράτος Μέλος διαχείρισης είναι σαφές από τη φύση της πτητικής δραστηριότητας του φορέα, οι αερομεταφορείς μπορούν να υποβάλλουν σχέδια παρακολούθησης σε ανεπίσημη βάση στο Κράτος Μέλος διαχείρισης πριν την επίσημη συμπερίληψη σε αναθεωρημένο κατάλογο φορέων εκμετάλλευσης που δημοσιεύει η Επιτροπή.