Σκοπός της Α.Π.Α. είναι η εκτέλεση των καθηκόντων πιστοποίησης, εποπτείας και επιβολής στον τομέα των αερομεταφορών, της αεροναυτιλίας και των αερολιμένων, η εφαρμογή της εθνικής και ενωσιακής νομοθεσίας, καθώς και των διεθνών συμβάσεων.
"Στην ΑΠΑ τα πάντα θα γίνονται αξιοκρατικά, με διαφάνεια και με γνώμονα, την ασφάλεια των πτήσεων, το δημόσιο συμφέρον, την ποιότητα των υπηρεσιών και την προστασία του περιβάλλοντος"